Sejak dari mula lagi, perikatan ini agak regang kerana keengganan PAS menarik matlamatnya secara umum iaitu menjadikan Malaysia sebuah negara Islam, sesuatu yang tidak disetujui DAP, walaupun kompromi sementara diperolehi dengan PAS bersetuju tidak memasukkannya dalam manifesto bersama.

Namun selepas pilihan raya, dengan kemenangan besar PAS dan keputusan tidak seberapa parti lain, ketegangan ini meningkat. Lantas pada 21 September 2001, DAP mengumumkan pengundurannya dari BA.[4]